Род Годуновых выдвинулся на первый план в годы опричнины при Иване Грозном. Борис Годунов, начав службу при дворе, благодаря уму и воле сумел стать ближайшим советником царя Фёдора Иоанновича, слабого здоровьем сына Грозного. Фактически, в это время Борис управлял государством, проявив себя как осторожный и расчётливый правитель.
После смерти бездетного Фёдора в 1598 году Земский собор избрал Бориса царём. Его правление началось с успехов, но было омрачено Великим голодом, народным недовольством и появлением самозванца, Лжедмитрия I, объявившего себя чудом спасшимся царевичем Дмитрием. Смерть Бориса в 1605 году ввергла страну в пучину Смуты.
Его сын, Фёдор Борисович, юный и образованный царь, не смог удержать власть и был убит сторонниками самозванца. Так пресеклась царская линия Годуновых. Сестра Бориса, Ирина, была женой царя Фёдора Иоанновича, а её племянница, Ксения, пережила трагическую судьбу, став наложницей Лжедмитрия I.
Хотя Годуновы сошли с политической сцены, их род не угас полностью. Некоторые представители, как, например, воевода Иван Никитич, служили уже новым правителям в смутные годы. Эпоха их могущества закончилась, уступив место новой династии. В 1613 году Земский собор избрал на царство Михаила Романова, чья родня была связана с Иваном Грозным через брак. Смутное время, во многом начавшееся со смерти Бориса Годунова, завершилось воцарением Романовых.